一起醫(yī)療糾紛，可以提起合同違約訴訟也可以提起人身損害侵權(quán)訴訟，原告有權(quán)在責(zé)任竟合時(shí)依自己的利益選擇。醫(yī)療糾紛訴訟在程序上適用《中華人民共和國(guó)民事訴訟法》。實(shí)體上，合同違約訴訟適用《中華人民共和國(guó)合同法》，侵權(quán)訴訟適用《中華人民共和國(guó)民法通則》。侵權(quán)訴訟一般按照過錯(cuò)責(zé)任原則進(jìn)行歸責(zé)，根據(jù) 《民事訴訟證據(jù)若干規(guī)定》舉證責(zé)任倒置的規(guī)定，在司法實(shí)踐中采用推定過錯(cuò)責(zé)任原則認(rèn)定醫(yī)方侵權(quán)責(zé)任。由于上述立法在醫(yī)療糾紛處理方面的明確性，具體性不夠，司法的規(guī)范性，統(tǒng)一性不夠，立法和司法現(xiàn)實(shí)并不能很好地發(fā)揮預(yù)防危害和填補(bǔ)損失的功能，不能滿足社會(huì)效率與公平的需要。

   《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》在醫(yī)療糾紛處理立法領(lǐng)域有所作為，與《醫(yī)療事故處理辦法》相比，明顯在向法律與司法靠攏，并在很多方面彌補(bǔ)了醫(yī)療糾紛處理立法方面的空白，使醫(yī)療糾紛處理的規(guī)范趨于明確具體，并與基本法律趨于一致，改善了醫(yī)療糾紛處理立法不足的狀況，也改善了醫(yī)療糾紛的行政處理與民事訴訟立法上的沖突。但《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》畢竟是行政法規(guī)，效力等級(jí)低于《民訴法》、《民法通則》，不能作為特別法優(yōu)先適用，與上位法律的沖突仍然存在。

    在醫(yī)療糾紛訴訟中是適用不太明確的《民法通則》、《民事訴訟法》還是適用效力較低的《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》，在司法實(shí)踐中仍將無法統(tǒng)一。對(duì)于這個(gè)問題，最高人民法院《關(guān)于參照〈醫(yī)療事故處理?xiàng)l例〉審理醫(yī)療糾紛案件的通知》做了一些規(guī)定，但無法解決解決原本屬于高位立法解決的問題。《通知》中規(guī)定的“參照”適用及“醫(yī)療事故以外的原因”排除適用，使《醫(yī)療事故處理?xiàng)l例》仍限于“醫(yī)療事故引起的”案件的“參照”適用。這里還面臨一個(gè)怎樣認(rèn)定是不是“醫(yī)療事故引起的醫(yī)療賠償糾紛”的問題，是依客觀認(rèn)定還是依主觀認(rèn)定，是依當(dāng)事人的起訴認(rèn)定還是依法院的實(shí)體審查認(rèn)定。因此，《通知》并沒有最終解決醫(yī)療糾紛訴訟的法律適用問題。

    “醫(yī)療事故”本身是《條例》中的概念，是不是“醫(yī)療事故”只有適用《條例》才能認(rèn)定，而根據(jù)《通知》精神，在認(rèn)定“醫(yī)療事故引起的賠償糾紛”之前是不能適用《條例》的。法院若要通過實(shí)質(zhì)審查來決定是否適用《條例》就會(huì)面臨一個(gè)矛盾，法院要適用《條例》來決定是否適用《條例》，這是不符合邏輯的，也不符合《通知》精神?？磥硎欠駞⒄者m用《條例》，只能從形式上審查，看案件是否屬于“醫(yī)療事故引起的賠償糾紛”，也就是以當(dāng)事人起訴是否以“醫(yī)療事故”為由來決定是否參照《條例》。這就意味著，在醫(yī)療糾紛訴訟中，當(dāng)事人特別是原告可以通過是否以“醫(yī)療事故”為由來選擇法律的適用。

    從行政與司法矛盾的看，將來較長(zhǎng)時(shí)期，醫(yī)療糾紛處理的法律適用還將是雙軌制，一方面是行政法規(guī)，另一方面是基本法律，無論是程序還是實(shí)體，都存在兩個(gè)系列，有時(shí)是一致的，有時(shí)是對(duì)立的，最終是糊涂的、隨意的，有人從中受益，也有人因此受害，最終是使社會(huì)受損。

    樂觀一點(diǎn)看問題，在醫(yī)療糾紛的訴訟中，仍將是基本法律主導(dǎo)，這一點(diǎn)是無法從根本上動(dòng)搖的。至于《條例》，有人“參照”它，也有人排斥它；有人利用它、有人回避它、有人曲解它。但它畢竟是一個(gè)進(jìn)步的現(xiàn)實(shí)，畢竟是一個(gè)是可以發(fā)展的基礎(chǔ)?！稐l例》毫無疑問會(huì)對(duì)醫(yī)療糾紛訴訟特別是醫(yī)療糾紛的協(xié)商調(diào)解，行政處理帶來重大影響。